避开了阿克巴大帝的宝船，数天后船队平安抵达果阿，靠港后第二天，曼努埃尔前往总督府邸去拜访巴雷托总督。

    此时已经是一五七五年下半年，对巴雷托总督来说，这几年在印度的境况并不算好，他没有实现自己的宏愿，巩固葡萄牙在印度和香料诸岛的统治，在和香料诸岛的原住民的战争中葡萄牙军队节节败退，巴雷托总督已经从宫廷中得到消息，国王已经准备派遣梅内塞斯家族的年轻贵族迪奥戈·德·梅内塞斯来接替他的职位。

    曼努埃尔的这次拜访并没有引起巴雷托总督的太多兴趣，此时总督已自顾不暇，但他为曼努埃尔开具了在东南亚和香料诸岛的通行证和贸易许可，曼努埃尔在对总督表示感谢后，决定继续向东，前往马六甲。

    船队绕过锡兰岛，一直向东前往马六甲，航行还算顺利，船队平安进入马六甲海峡，并在港口靠港。第一次登上马六甲的土地，曼努埃尔感到十分兴奋，从小时候开始费南多就告诉他，这个港口是通往东方神秘古国的必经之地，曼努埃尔和若奥一样，对那个神秘富庶的东方古国充满了兴趣，他想看看那是一个怎样的国家，据说那里所有的人都穿着华美的丝绸，用贵重的银作为钱币。在马六甲的几天里，曼努埃尔参观了城市和教堂，对这里的一切感到惊叹。

    几天后，船队准备完毕，曼努埃尔命令再次起航，根据若奥当年前往日本绘制的海图，船队没有经历太大的困难，曼努埃尔的船队首先在一些小岛上登录，向当地的葡萄牙商人打听情况，葡萄牙商人告诉曼努埃尔，现在的葡萄牙商船可以在大明国的澳门停船补给，也可以进行一些小规模的贸易，此时的澳门地区总司令已经由多明戈斯·蒙泰罗接任，他们建议曼努埃尔前往澳门去拜会这位司令。

    根据这些葡萄牙商人提供的海图，曼努埃尔的船队一直向北，在澳门成功靠港，曼努埃尔看到这里已经成为了一个巨大村落，并且拥有三座教堂，一些衣衫朴素的东方人和葡萄牙人混居在一起。在和当地的葡萄牙商人打听后，曼努埃尔才知道蒙泰罗总司令正在自己的船上。

    曼努埃尔决定立刻去会见蒙泰罗总司令，以便能够完成国王的使命。在蒙泰罗总司令的船长室里，这位新任的司令向曼努埃尔详细描述了目前在澳门的现状。对葡萄牙商船和军队来说，澳门已经成为了葡萄牙船队的停泊地，并且通过向大明国交纳一定的租金，可以在此地进行贸易，但对葡萄牙人来说依旧要十分小心，大明国人对葡萄牙人仍然并不友好，甚至怀有敌意。蒙泰罗总司令向曼努埃尔表示，希望曼努埃尔给他提供一份国王陛下需要的货物清单，他会想办法将货物置办齐备。曼努埃尔向蒙泰罗总司令表示感谢，总司令希望曼努埃尔在船上耐心等候，并且不要离开澳门，试图进入东方大国的内陆。