司马昱即位为帝后，桓温主控朝政，一步步要消灭反对势力，首先要对付的就是行径嚣张的司马昱同父异母兄司马晞。司马昱即位不久，桓温就诬陷司马晞谋反将其免官，及后逼令新蔡王司马晃自诬与司马晞及殷涓、庾倩等人谋反，以求翦灭陈郡殷氏和颖川庾氏在朝中的势力。随后桓温指示御史中丞司马恬奏请司马昱依法处死司马晞，司马昱不肯，下令再作议论。
桓温再次上奏求诛司马晞，言词十分严厉急切，司马昱于是亲手写诏给桓温说：“如果晋室国祚长久，那么你就应该依从早前的诏命从事；如晋室大势已去，那你就让我退位让贤吧。”桓温看后害怕到流汗色变，于是不敢再逼，只上奏废掉司马晞和他三名儿子，并流放其家属。殷涓、庾倩、庾柔等人被灭族，殷氏和庾氏一蹶不振，桓温的威势达至高峰。
司马昱一方面应付桓温，另一方面延续之前的措施，又引王坦之、谢安等人与桓温抗衡，而二人不负众望，最终也成功挽救了晋室。
外交
咸安二年（372年）正月，百济和林邑各自遣使进贡土产。六月，司马昱遣使拜百济王余句为镇东将军，领乐浪太守。
主要作品
司马昱有文集五卷。《淳化阁帖》又收录有其书法作品《庆赐帖》六行。
轶事典故
人鼠并重
司马昱还在任抚军将军的时候，他坐床上的灰尘从不让人擦去，见到老鼠在上面走过的脚印，认为很好。有个参军看见老鼠白天走出来，就拿手板把老鼠打死，司马昱为此很不高兴。他的门客提议处罚这个参军，他批示说：“老鼠被打死了，尚且不能忘怀；现在又为了一只老鼠去损伤人，恐怕不行吧？”
从公于迈
司马昱任抚军将军时，一次与桓温一同上朝，二人多次互相谦让，要对方走在前面。桓温最后不得已只好在前，于是一面走一面说：“伯也执殳，为王前驱（我手里拿着殳，为王做先驱）。”司马昱回答说：“这就是所谓的‘无小无大，从公于迈（无论大小臣子，都跟着公出游）’。”
暗室之答
一次，司马昱在暗室里坐着，召桓温进宫，桓温到了，问司马昱在哪里。司马昱回答说：“某在斯（我在这里）。”时人因此认为他有才能。
不必在远
司马昱进华林园游玩，回头对随从说：“令人心领神会的地方不一定在很远，林木蔽空，山水掩映，就自然会产生濠水、濮水上那样悠然自得的想法，觉得鸟兽禽鱼自己会来亲近人。”
一日万机
司马昱任丞相时，一件政务，事情要整年的时间才能批复下来。桓温很担心这太慢了，经常加以劝说鼓励。司马昱说：“一天有成千上万件事，哪里快得了！”
陶练之功
佛经认为摆脱烦恼、修练智慧，就可以成佛。司马昱说：“不知是否就可以达到最高的境界？虽然如此，但陶冶修炼的功效，还是不可以抹杀的。”
会稽王痴
名士王濛曾请求出任东阳太守，但司马昱没有同意，后来他病重，在他临终时，司马昱哀叹说：“我要对不起仲祖（王濛的字）了。”便下令任命他为东阳太守，王濛说：“人们说会稽王痴心，确实痴心。”
镇静自如
司马昱曾与桓温和武陵王司马晞共坐一辆车，桓温暗中叫人在车前车后敲起鼓来，大喊大叫。仪仗队受惊混乱，司马晞神色惊惶恐惧，要求下车。桓温回看司马昱却镇定自若，满不在乎。后来桓温告诉别人说：“朝廷里仍然有这样的贤能人才。”
安石必出
名士谢安在东山隐居时养着歌女，司马昱说：“安石（谢安的字）一定会出山，他既会与人同乐，也就不得不与人同忧。”
一卦为限
桓温曾聚集许多名士讲解《周易》，每天解释一卦。司马昱本想去听，一听到是这样讲的就回来了，并说：“卦的内容自然是有难有易，怎么能限定每天讲一卦呢！”
湛若神君
司马昱任丞相时，与谢安一起去看望桓温。当时王珣已经先在桓温那里，桓温对王珣说：“你过去想看看相王，现在可以留在帷幔后面。”两位客人走了以后，桓温问王珣说：“相王究竟怎么样？”王珣说：“相王任丞相，自然像神灵一样清澈，您也是万民的希望，不然，仆射（谢安）怎么会自甘藏拙呢！”
会稽霞举
晋废帝司马奕即位后，群臣每次早朝，殿堂都黯然无光。司马昱气宇轩昂，他到后，朝堂才像朝霞高高升起一样。
不识其本
司马昱看见田里的稻子时不认识，问是什么草，近侍回答是稻子。他回去后，三天没有出门，说：“哪里有依靠它的末梢活命，而不识其根本的呢！”
人际关系
父母
父亲：晋元帝司马睿
母亲：简文宣太后郑阿春
同辈
同母兄
琅玡悼王司马焕
异母兄
晋明帝司马绍
琅琊孝王司马裒
东海哀王司马冲
武陵威王司马晞
后妃
简文顺皇后王简姬，王遐之女，生司马道生、司马俞生
胡淑仪，生司马郁、司马朱生
王淑仪，生司马天流
李陵容，生司马曜、司马道子、鄱阳公主
徐贵人，生新安公主
子孙
儿子
司马昱有七子：其中有三人长大成人，其余四人早殇，但长大的三人除长子司马道生外皆死于非命。
思世子司马道生
司马俞生，早殇
临川献王司马郁，早殇（追赠）
司马朱生，早殇
司马天流，早殇
晋孝武帝司马曜
会稽文孝王司马道子
女儿
鄱阳公主，嫁王恭弟王熙，李陵容生
新安公主司马道福，初封余姚公主，先嫁桓济，后改嫁王献之
武昌公主，嫁桓脩
寻阳公主，嫁王袆之
孙女
晋陵公主，嫁谢安之孙、谢琰之子谢混，南朝宋时期降为东乡君
鄱阳公主，下嫁王导曾孙王嘏
孙子
晋安帝司马德宗
晋恭帝司马德文
会稽忠世子司马元显
《晋书·卷九·帝纪第九》：简文皇帝讳昱，字道万，元帝之少子也。幼而岐嶷，为元帝所爱。郭璞见而谓人曰：“兴晋祚者，必此人也。”及长，清虚寡欲，尤善玄言。
《晋书·卷九·帝纪第九》：永昌元年，元帝诏曰：“先公武王、先考恭王君临琅邪。继世相承，国嗣未立，蒸尝靡主，朕常悼心。子昱仁明有智度，可以虔奉宗庙，以慰罔极之恩。其封昱为琅邪王，食会稽、宣城如旧。”
《资治通鉴·卷第九十三·显宗成皇帝上之上》：丙寅，徙琅邪王昱为会稽王，吴王岳为琅邪王。