小奚来到院长电脑前，登陆了院长的电脑。
将肖医生的卡放进读卡器内，点击解锁，成功的打开了文件柜。
开了文件柜后，一把钥匙掉到了安装护栏申请书上。
小奚拿走了钥匙，开始看文件。
文件内容如下：
处分通知：
奚某因为诽谤医院造成医院名誉损失，非法擅自闯入院长工作室并窃取大量医院资料，进行暂时的停薪留职，因其行为不当，疑似患有精神疾病，需进行心理诊断。
肖某因为不良医疗手段，诽谤医院造成医院名誉损失，并且协助病人逃跑，进行暂时的停薪留职，因其行为不当，疑似患有精神疾病，需进行心理诊断。
（看来，因为医院在进行一些非法实验，小奚和肖医生举报了医院，然后被医院强行认定为精神病。）
小奚走出院长办公室，用钥匙开了走廊尽头的栅栏的电子锁，准备开窗，却发现窗户上竟也有个锁。
“可恶啊，竟然还有个锁锁着窗户……如果能打开它，再找个长绳子……应该就可以离开这里了。”小奚恨恨的说，但是没有办法，只能原路返回院长室，解开了一个小箱子，得到了一张读卡，放入读卡器，解开了重症患者区。
来到三楼，向女神像右边走去，来到了3013号房间。
“好像有个声控灯开关？”小奚仔细看了看自言自语。
按下开关，声控灯亮了，两个假人站在面前，后面有串数字，但是仅过了2秒左右又黑了，再开，假人又换了个姿态，就像是跳舞，又露出来一串数字，但是2秒后灯又灭了，开了好几次都是这样子，中途那个倒吊的木偶又从房顶倒吊在小奚面前，继续开关，两个假人又不停的换姿势，继续开关，出现了个密码箱，有13个数字，从里面得到了把钥匙。
用钥匙开了边上的物理治疗室，一个收音机正放着诡异的音乐，小奚拿走了收音机并关闭了音乐。
小奚来到3013号房间放起了音乐，声控灯终于不灭了，假人也不跳舞了。
来到边上的房间，房间内乱七八糟的，床底下的假人压着一张纸，内容如下：将病人的衣服绑一起就可以从窗户离开了，现在去找更衣室的钥匙。
我没疯！都想害我！
催眠治疗是伟大的，你不要来找我，是你不应该看到的。
她也一样！
镜子里能让你找到真正的你，那不是我！
你以为柜子上的密码我不知道了吗？
仓库里面的密码都用了相同的规律吧？
我还记得以前那个柜子的密码：58409879107346
正确的密码是580890
阴阴阳阳阳阴阴阴阴
时候到了，
你们都得
解脱！
小奚，我来找你了！
小奚放下文件，来到了一个柜子前，看见上面写着一些数字，于是在柜子上输入913707，解开了密码，得到了个绝缘胶布，又用破损的仪器（在物理治疗室里病人的床头柜）砸开表，拿到了个分针。
抬起头一看，有个很高的窗子，边上是些木板。
将木板下大上小的摆放在废旧仪器（在物理治疗室的病人床头柜）上，小奚走了上去，从里面拿到了磁铁，来到房间角落，用磁铁又吸出了一根针，回到治疗室，将两针粘好，扎入假人的身体，打开治疗机器电流随针进入假人的身体，不知道多久后，治疗器停下来，假人张开了嘴，吐出一把钥匙。
（也许此时的假人就代表曾经被做实验用品的病人？）
用钥匙开了洗浴室的衣柜门，开一个，所有的都开了，将病人的衣服绑在一起，制成了绳子。（为什么不用吊女神像的绳子呢？），然后又得到了个头罩，来到治疗室，放上湿海绵，将头罩放上假人的头，开启百伏电流，但是这时，周围陷入了一片黑暗……
医院停电了。
小奚走出治疗室，来到外面，十三号精神病院已经变成了废墟……
来到走廊尽头，因为停电，窗户上的电锁失效了，小奚拉开窗户，将绳子放了下去……
小奚成功的逃出了浮路市十三号精神病院。
而这时，突然传来了收音机的音乐。
小奚闻声望去，却见十三号病院门口，自己正站在门口。
门口的小奚冲向小奚，露出恐惧而怨恨的表情……
原来，黑影，女孩——小奚，早已经死了。
（剧终）
十三号精神病院被查封，聂莫黎下落不明，而聂莫琪则派了一名记者前往宜昌镇，而这名记者在宜昌镇中，竟与前男友相遇，而记者与她的前男友则在宜昌镇中在调查中发生了一系列故事……
（本卷完，下一卷：红丝缠。）
根据三部纸嫁衣和十三号病院，可以知道十三号病院完整的故事了。
申墨卿和王娇彤的房东聂莫琪和聂莫琪的姐姐聂莫黎和肖医生、奚医生是一个村子里的，莫黎从小被丢掉了，被汤婆婆捡了，莫琪小时候则常和小时候的陶梦嫣和肖医生玩。
肖医生当上医生后，写了篇关于催眠治疗的论文，而聂莫黎则对此很感兴趣，并且让肖医生尝试实现。
但是不久后，纸嫁衣的事件让聂莫黎与老道士被关进了十三号精神病院，归小奚管理，而肖医生因为纸嫁衣的事件对奘铃村让人催眠的方法产生了兴趣，并且想尝试了，但是没有去试。
而肖医生在陶梦嫣的事件后，也决定开始和院长一起瞒着反对深度催眠治疗的小奚尝试催眠治疗，并且决定一切风险自己承担，并且听了鬼面俑的话决定实验完成后去找陶梦嫣未烧掉的六葬真经部分。
但是院长开始用催眠治疗时开始进行一些非法实验，被小奚和肖医生发现并举报了，院长便强行将小奚当成了精神病。
肖医生感觉不对，调查时也发现了院长在做非法实验后，举报了院长，结果也被强变成了精神病。
自己费尽心思研究的催眠治疗被院长说成是不正当医疗手段，并且将自己变成了精神病，每天还得像精神病一样被强制喂药……而院长又用着自己研究的催眠治疗进行非法实验，害死了一个又一个无辜的精神病患者，并且一切责任还得肖医生自己承担，就算是不成为精神病，肖医生自己也将成为犯人，自己的同事小奚也被害成为了精神病，而小奚的室友又上吊自杀，让小奚病情加重，而重症患者则会被以治疗名义害死……肖医生因为这些种种原因，发狂了，患上了精神分裂，形成了两个人格。
之后在负责小奚的医生帮助下组织病人逃跑，让小奚从通风管道逃跑，但是在帮助小奚逃跑时突然恶人格占了上风，杀了小奚，并伤了许多病患后逃跑了，可能是去找六葬真经了……
而聂莫黎也趁机逃出了十三号精神病院，实施早已策划好的鸳鸯债来渡劫成仙，但是因为低诂了王娇彤与申墨卿，以失败告终，之后又逃走，下落不明……
而肖医生的这一举动让警方调查十三号病院，让十三号病院的真相大白，从此十三号病院被查封，荒废了……
之后，死去的小奚重返十三号病院，逃跑后才发现自己是鬼……
其他的的事情，仍然是未知……
故事留下了许多的问题，不过到底是为什么，似乎只能赁想象了，不过因该不会有第二部了，因为十三号病院属于老式的恐怖游戏，除了纸嫁衣系列和一些仿照纸嫁衣系列的恐怖游戏，以及很少的有完整剧情的大多恐怖游戏都是这样子。