5月16日，明刑部右侍郎：吕坤，上贡《天下安危疏》请求明神宗：朱翊钧，节省费用，停止横征暴敛，以安定天下人心。

    于是明吏科给事中：戴士衡，就上疏，弹劾明刑部右侍郎所撰的《闺范图说》、又上奏称《安危疏》是「包藏祸心、结纳宫廷」逢迎明郑皇贵妃：郑妙瑾，之举。

    然而明刑部右侍郎疏辨，明神宗却不问。

    不久又有人为明刑部右侍郎的《闺范图说》写一跋文，名为《忧危竑议》在京师境内广为流传，大意上说；吕侍郎撰写的《闺范图说》独取东汉明帝显宗明德皇后：马楚，为由因东汉明德马皇后是从贵人身份进中宫，意指明郑皇贵妃。

    此等献媚之事，让明国丈：郑承恩，决定重刊此书，目的是为了立己之子明皇三子：朱常洵，为皇太子。

    又说；吕侍郎疏言天下忧危，无事不言，惟独不谈及立皇太子之事，用意不言自明，又诬；吕侍郎与明国丈等相勾结，同盟结纳，羽翼明郑皇贵妃之子。

    在明吏科给事中上疏之前，明全椒县知县：樊玉衡，也曾上疏请立明皇长子为皇太子，并指斥明郑皇贵妃。

    这使得明国丈为此大惧，并怀疑《忧危竑议》出于樊、戴二人之手，遂奏报明神宗。

    当即就让明神宗大怒，明郑皇贵妃也为此泣诉不已！明神宗为了掩盖朝廷内部斗争，下令逮捕樊、戴，经过严刑拷掠，分别摘戍广东承宣布政使司雷州府和廉州府，而吕坤时已因病致仕回家，才置之不问。

    6月初7日，明都察院右佥都御史兼朝鲜经略：杨镐，被罢职候查，以明天津三卫巡抚：汪应蛟，代理经略李氏朝鲜王国军务。

    然而明兵科右给事中：张辅，却上书陛下，请求明保定府巡抚：万世德，与明天津三卫巡抚：汪应蛟，互换职务，恰好明保定府巡抚也愿意受命，便驾驶舟船揖渡江，北上入辽东都指挥使司地界。

    另一边在杨经略被调还回大明帝国之时，从李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，至平民百姓们皆恋恋不舍，李氏朝鲜郡王还亲率百官们泣泪迎送于汉城府弘济院，城内军民男女重髫戴白，皆出送至郊外，诸臣以诗为别，表达了李氏朝鲜军民们深觉惋惜之情，并为杨经略受诬而纷纷不平！

    随后明保定府巡抚兼朝鲜经略：万世德，来到李氏朝鲜王国与明蓟辽总督：邢玠，商议征讨倭寇之策。

    同时命明南直隶都察院右佥都御史兼操江提督：蓝元，与明中军都督府左都督：董一元，出兵中路、明宣武卫游击将军：茅国器，等将领负责辅佐和策应、明备倭总兵：麻贵，出兵东路，明大同右卫副总兵：王生，等将领负责辅佐、明御倭副总兵：刘綎，出兵西路，明泉州府副总兵：吴广，等将领外加李氏朝鲜都元帅：权栗，负责辅佐、明福建副总兵：陈碑、明水师提督：陈璘，出兵水路，明松门卫游击将军：季金、等将领负责辅佐。

    明军分兵5万并进，以明备倭总兵攻打蔚山都护府，明中军都督府左都督、明御倭副总兵，分别负责进攻尚庆左道泗川县、全罗左道顺天都护府，各路明军直逼尚庆左道庆州府釜山浦。

    其中明军生擒并斩获幕府俊寇大将：平正成，等五名，杀幕府右兵卫少志：平义，智擒幕府武士加倭兵二千二百四十八名。

    还招回李氏朝鲜军民妇女五千六百余名，焚烧倭船七百余艘，获得粮米二万五干九百余包，牛马械器无数，朝廷赏银八千两，赐红锦飞鱼服给武将们世袭。

    并命明兵科左给事中：徐观谰、明朝鲜监军尚庆左右道：陈效，核实情况奏报朝廷，还晋升明朝鲜经略：万世德，为「都察院右副都御史」荫封一子入世代官籍。

    同时幕府冈山藩左卫门督：小早川秀秋，等部7万多人回国休整，仅留幕府第一军左副将：加藤清正、幕府第五军下参议：岛津义弘，等6万4千人防守李氏朝鲜王国占领区。

    7月22日，年老体虚的幕府从一位太政大臣：丰臣秀吉，在京都伏见城，召见五大老既（幕府从二位权大纳言：前田利家、幕府从三位中纳言：宇喜多秀家、幕府从三位权中纳言；毛利辉元、幕府从三位参议兼权中纳言：小早川隆景、幕府下参议兼少纳言：上杉景胜）以及幕府内大臣：德川家康，包括五奉行既（幕府京都所司代兼弹正台弹正少弼：浅野长政、幕府大奉行兼任堺町奉行：石田三成、幕府丹波龟山藩兼民部卿法印：前田玄以、幕府大藏卿：长束正家、幕府式部卿：增田长盛）

    另由〈三中老〉幕府高松城主兼赞岐国藩主：生驹亲正、幕府从五位下带刀先生兼出云国松江藩主：堀尾吉晴、幕府式部少辅：中村一氏）负责五大老与五奉行之间的协调与沟通。

    幕府太政大臣要求他们一起辅佐，自己的幼子：丰臣秀赖，其根本目的是要以合议制度来抑制幕府内大臣的抬头，以确保丰臣政权可以代代相传。

    8月18日，交代完后事之后幕府太政大臣：丰臣秀吉，便在京都伏见城死去。

    同时明水师提督还派遣战船数百艘，分布于忠清左右道、全罗左右道、庆尚左右道，等重要海口严防倭军。

    9月11日，明备倭总兵再次包围幕府第一军左副将于蔚山都护府，两军互有胜负，但最后却遭到幕府左近将监兼侍从：立花宗茂，的后续援军赶来救援，先以千人夜袭明军后，在以假营伏兵攻击追来的明军使其败退。

    10月初2日，幕府太政大臣于8月18日死于京都伏见城的消息传至李氏朝鲜王国，让前线的倭军将领们士气因而受挫，又接到五大老与五奉行的命令开始撤退，由幕府第一军左副将首先下令乘船撤退。

    随后明备倭总兵让明军追击幕府第一军左副将，并火器优势取得胜利。

    10月11日，西路的明御倭副总兵、东路的明备倭总兵，两路明军进展都比较顺利，而中路的明中军都督府左都督率兵3万人攻打倭军新起的泗川县城寨时，由幕府第五军下参议率7千兵力驻守。

    由于明军火炮营在布阵后，中军都督府士兵皆是南直隶中都留守司附近驻军，素不习战，亦不太擅长火器，明军火炮手先以大将军炮、攻戎炮，等火炮打破泗川县大门一扇、城垛数处。

    之后又发各类火器，在点火时的有些火炮突然炸膛，并引起了大营火药库的连番爆炸，硝烟掩盖半边天，全军上下顿时乱成一片。

    这时幕府第五军下参议一看明军大营发生爆炸，随即命令倭军出击，混乱中的明军大乱，倭军从前小门杀出，直冲中军都督府明军，导致中军都督府各路卫所明军皆被屠杀溃走，三千中军都督府士兵，战后止存五、六十人，是为〈泗川之战〉。

    11月17日，留守的各路倭军无心恋战，打算由蔚山都护府撤退，明军分道进击。

    就在倭军将领撤退之时，明水师提督：陈璘，派遣明水师左参将：邓子龙，偕同李氏朝鲜三道水军统制使：李舜臣，联合出击，在露梁海上截击想援救幕府第二军右副将：小西行长，的援军幕府左近将监兼侍从：立花宗茂、幕府第五军下参议：岛津义弘、幕府从四位下筑守：小早川秀包、幕府对马守：宗义智、幕府肥前国名护屋城奉行兼志摩守：寺泽广高，等部倭将。

    明水师左参将素来慷慨，所在立战功，是时他已年过七十，但仍不减当年英勇，亲率战船三百艘为前锋，追至釜山浦南海，并带壮士三百人跳入李氏朝鲜龟船上，直前奋击幕府第二军倭寇，打得倭军死伤无数。

    但其他战船却因误掷火器于主帅的战船，使得主帅战船起火，结果明水师左参将：邓子龙，阵亡！

    而李氏朝鲜三道水军统制使：李舜臣，领兵来援，率船队冲入敌阵，却被倭军包围，不幸身中流弹血染盔甲牺牲，其余明军继续战斗。

    随后明水师右参将：陈蚕、明松门卫游击将军：季金、明广海卫游击将军：马文焕，等将领率军赶至前后夹击，倭军被打得豪无斗志只想撤退，明军又趁机焚其船只。

    倭军则因为成功让幕府第二军右副将脱困而且战且退，而得以逃脱登岸的倭军后为幕府第二军右副将救走。

    部分倭军侥幸逃脱者刚上岸，又为明军步兵所攻击，被火烧死以及溺水者万计。

    这时明御倭副总兵进攻幕府第二军右副将，并夺取倭军桥寨，明水师提督则以船队一同攻击，再焚烧倭军战船数艘。

    关键时刻幕府第二军右副将部下，幕府第五军下参议：岛津义弘（鬼石曼子）带领水师来援，却被明军水师给击败，其余倭军纷纷扬帆逃跑，仅有幕府左近将监兼侍从作为殿后，接应幕府第二军右副将使其成功逃离李氏朝鲜王国。

    此次釜山浦南海大战，明军总共击沉倭军船只九百余艘，歼灭幕府部分主力水师，史称「露梁海战」。

    致使少量未逃脱明军水师海上封锁的，倭军残部退到至山岛，12月初8日，倭军残部开始渡海藏匿乙山，岩深道险，明军将士不能进入，明水师提督便派兵夜查，还围攻崖洞。

    至天亮后发现目标便发炮攻击，倭军又逃奔后山，与巡查明军展开殊死奋战，几乎全部被屠杀殆尽，仅有数十位倭军逃走，还被明水师提督领兵追击，最终倭军残部无一人逃脱。

    就这样万历倭援朝战争至此结束，明军入李氏朝鲜王国作战，历时七载，丧师数十万，糜饷数百万两白银，人力、物力损失巨大，但最终还是胜利的打败了倭军。