董卓被刺死后，王允居首功录尚书事；吕布擢升为奋武将军，假节，仪比三司，并进封温侯，与王允同掌朝政；士孙瑞领大司农，其余参与的官员皆有升迁。吕布一介武夫缺乏治国的手腕，朝政实质上由王允总揽。

    站上权力制高点的王允开始目空一切，他甚至对身边的近侍说：“强如董卓之徒都在我的谋略下伏诛，天下间还有什么事能难得倒我呢？”在群臣集会时，王允也很少像以前那样和大家推心置腹，共商国事，而是正襟危坐，面无和悦之色。慢慢地，群臣从对他推崇、拥护逐渐转变为畏惧、疏远。

    董卓的尸体被点天灯的消息传来时，蔡邕恰好和王允在一起，他感念董卓的厚待之情，不由自主地发出了一声叹息。王允听到后勃然大怒，厉声责骂他说：“董卓是国之大贼，几乎令汉室倾覆。你身为王臣，理应同声讨贼，欢庆奸徒恶报。不想你竟念及董贼对你的微末恩惠而替他感到痛惜，这难道不是谋逆的行为么？”说完，便不容分辩，立即将蔡邕押至廷尉处问罪。蔡邕为留性命完成汉史，只得委曲求全，陈辞谢罪，并表示愿意承受黥首刖足之刑来保全余生，却被王允拒绝。太尉马日磾听说了蔡邕的遭遇，急忙赶到王允的住处，替蔡邕说情道：“蔡伯喈是难得的旷世奇才，学问渊博，尤其对本朝之事知之甚详，应当让他继续编著汉史，以成一代大典；况且他又以忠孝闻名，现在无端获罪，恐怕有失众望，难服人心吧！”王允根本不听劝告，反驳道：“先前汉武帝不杀司马迁，才让他写成谤书，流传后世。现在国事衰败，皇权渐微，不能再让蔡邕像司马迁那样去毁谤和诬蔑幼小的天子。这种行径既对教化毫无益处，还会使我辈之人遭受非议。”马日磾无奈，只得退出，他对其他士大夫感慨道：“王公这种做法恐怕要把国家引入歧途。善待人才，是国家的纲纪；史书著述，则是国家的典籍。废弃了纲纪与典籍，难道还能长久吗？”可怜蔡邕最后冤死狱中，群臣无不为他痛惜流涕。著名经学家郑玄听闻了蔡邕的死讯后，长叹说：“汉朝的事，今后能由谁来考定啊！”在兖州、陈留之间的士人们也都纷纷画了蔡邕的像来纪念他。

    而王允仍一心扑在如何肃清董卓党羽的事上，无暇顾及自己风评的下滑，他任命皇甫嵩为征西将军，令其率军攻打郿坞，去屠灭董卓的宗族。郿坞是董卓倾心打造，城墙高厚，坚不可摧。皇甫嵩也不强攻，而是围住郿坞，命士兵大声向城内传话，宣称只诛董氏族人，其余人等只要投降便既往不咎。郿坞的守兵本来就对与天子相抗感到惶恐，听了这番话后更是战意全无，当夜坞堡里就发生了叛乱，有人打开城门放官兵入内。董旻和董璜率军奋力抵挡了不足一个时辰便死于乱军之中，其余董氏族人更无力反抗，很快就被蜂拥而入的朝廷军吞没。皇甫嵩持剑杀入盖在坞堡内的宫室，将董卓的妻妾尽数屠戮。年仅十六岁的董卓孙女董白蜷缩在墙角涕泪交流，几名老仆跪在皇甫嵩跟前拼命磕头为这个才过及笄之年的少女求情。可惜眼前站着的是曾坑杀了十万黄巾军的冷血“人屠”，他连连挥剑斩下了这些老仆的头颅后，毫不犹豫地一剑刺向了抱肩颤抖中的董白，甚至都没去看她那水灵凄美的面容一眼。

    董卓的女婿牛辅因之前在外征战而留守陕西，为绝后患，吕布便以李肃为先锋前去讨伐。李肃误以为董卓死后西凉兵再无斗志，轻敌冒进，被牛辅杀得大败，退至弘农后，被吕布依军法处斩。正待吕布准备亲自进兵时，有一自称叫胡赤儿的人带着牛辅的首级前来投诚。原来牛辅营中有士兵半夜背叛出逃，造成内乱，牛辅以为整营皆叛，于是收拾了财物，带着亲信胡赤儿一起想要逾城北渡河。不料胡赤儿想杀了牛辅向朝廷邀功求封，他用绳索系在牛辅腰间将其从城头往下放时，在离地面数丈高的地方就松开了绳子使得牛辅重重摔在地上腰部受伤，然后胡赤儿沿着绳索爬下城头将牛辅斩首。吕布得了这个大礼后非常高兴，重赏了胡赤儿并带他一起返回了长安。

    牛辅死后，董卓的亲属已尽数被夷灭，如何处置董卓嫡系的凉州兵就成了首要大事。吕布对王允说：“眼下长安士兵羸弱防御空虚，不如赦免部分凉州将领，让他们作为像我、皇甫嵩等忠于陛下之人的副将，再把凉州兵拆分开交给我们统领，这样既可安定人心，又能迅速增强京师的军力。”但是王允没有采纳吕布的建议，他企图削夺凉州兵将领的兵权并施以惩罚，再取缔全部凉州兵，还计划联系袁绍等人利用关东兵去控制他们。对于这种做法，士孙瑞提出不同的意见道：“凉州兵素来与关东兵势如水火，如果派关东兵去解散他们，凉州兵必然人人自危，这样很容易引起兵变。不如任命皇甫嵩义真为凉州兵的统帅，并让他常驻陕西以便安抚军心，然后再慢慢与关东军通信，以观其变。”王允又反对说：“不然，关东兵是反董卓的义兵，与我们是同一战线，现在董卓已死，还把凉州兵屯于要地，岂不是反而让关东军将领对我们起疑心么？”

    <script type='text/javascript'>try{ggauto;} catch(ex){}</script>